一般来说，连锁经营的组织结构由总部、配送中心或者中心厨房、连锁分店三大部分构成。较小的连锁经营企业也可以不设立配送中心，只由总部和连锁分店构成。
　　（一）连锁总部的组织结构设计
　　1.连锁总部的基本职能
　　（1）对连锁经营日常重大经营管理业务的决策、指令与监控。
　　（2）财务管理。
　　（3）制度管理。
　　（4）信息的收集、分析、整理和研究工作。
　　（5）重大经营、投资、开发、营销、发展问题的决策。
　　2.连锁总部的组织结构
　　（1）总部管理模式：连锁总部作为门店的服务和管理机构，直接对门店进行管理。适用于连锁系统初创时期经营上尚未突破地区界限，或卖场规模大而网点数量少或网点分布比较集中的情形。
　　①把总部划分为“总经理室”“营业本部”和“管理本部”三个部分。
　　②由总经理直接管理开发部、营运部、商品部、财务部、管理部和企划部等职能部门。
　　（2）地区管理部管理模式：连锁企业总部按地区设立若干个地区管理部，由地区管理部管理门店，总部不直接管理门店。适用于连锁企业的发展已有一定规模，门店数量多、店型小且分布地区广的连锁企业。
　　（二）配送中心的组织结构设计
　　1.配送中心的概念：配送中心是位于物流节点上，是连锁企业的物流机构，专门从事货物配送活动的经营组织或经营实体。
　　2.设立配送中心的条件
　　（1）连锁经营企业的分店数量和商品经营规模都达到一定水平。
　　（2）连锁经营企业在一定经济区域内（如一个城市）的分店数量达到一定规模时，便可设立配送中心。
　　3.配送中心的作用
　　4.配送中心的业务
　　（1）负责由总部决定、由供货商送来的商品的验收与入库工作。
　　（2）负责库存商品的日常管理工作。
　　（3）负责对各连锁分店所需商品的加工、整理、包装、集配和送货工作。