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3、预付款的扣回
双方应该在合同专用条款第24条中约定预付款的扣回时间、比例。
价款结算办法第十二条第(三)款规定：预付的工程款必须在合同中约定抵扣方式，并在工程进度款中进行抵扣。
4、其他
价款结算办法第十二条第(四)款规定：凡是没有签订合同或不具备施工条件的工程，业主不得预付工程款，不得以预付款为名转移资金。
（三）工程进度款结算与支付
1、工程进度款结算方式
合同双方应该在合同专用条款第26条中选定下列两种结算方式中的一种，作为进度款的结算方式。
（1）按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后清算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
（2）分段结算与支付。即当年开工、当年不能竣工的工程按照工程形象进度，不同阶段支付工程进度款。具体划分在合同中明确。
2、工程量计算
（1）承包商应当按照合同约定的方法和时间，向监理(业主)提交已完工程量的报告。监理(业主)接到报告后14天内核实已完工程量，并在核实前1天通知承包商，承包商应提供条件并派人参加核实，承包商收到通知后不参加核实，以监理(业主)核实的工程量作为工程价款支付的依据。监理(业主)不按约定时间通知承包商，致使承包商未能参加核实，核实结果无效。
（2）监理(业主)收到承包商报告后14天内未核实已完工程量，从第15天起，承包商报告中的工程量即视为被确认，作为工程价款支付的依据。双方合同另有约定的，按合同执行。
（3）对承包商超出设计图纸(含设计变更)范围和因承包商原因造成返工的工程量，监理(业主)不予计量。
注意：合同通用条款第25条的内容与上述价款结算办法的规定有出入。根据价款结算办法第二十八条的规定，应该以价款结算办法的规定为准。
3、工程进度款支付
工程量核实以后，业主应该按照合同专用条款中约定的拨付比例或数额向承包商支付工程进度款。
价款结算办法规定：
（1）根据确定的工程量计量结果，承包商向监理(业主)提出支付工程进度款申请，14天内，监理(业主)应按不低于工程价款的60％，不高于工程价款的90％向承包商支付工程进度款。按约定时间业主应扣回的预付款，与工程进度款同期结算抵扣。
（2）确认增(减)的工程变更价款作为追加(减)合同价款与工程进度款同期支付。
（3）监理(业主)超过约定的支付时间不支付工程进度款，承包商应及时向业主发出要求付款的通知，监理(业主)收到承包商通知后仍不能按要求付款，可与承包商协商签订延期付款协议，经承包商同意后可延期支付，协议应明确延期支付的时间和从工程量计量结果确认后第15天起计算应付款的利息(利率按同期银行贷款利率计)。
（4）业主不按合同约定支付工程进度款，双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，承包商可停止施工，由业主承担违约责任。
注意：合同通用条款第26条的内容与上述价款结算办法的规定有出入。根据价款结算办法第二十八条的规定，应该以价款结算办法的规定为准。