非洲四条主要河流有：尼罗河、刚果河、尼日尔河和赞比西河。其中尼罗河发源于东非高原，自南向北流，在埃及境内注入地中海，全长6600多千米，是世界上流程长的河流。刚果河发源于南非高原，是非洲流量、流域面积广、水力资源丰富的河流。尼日尔河、赞比西河发源于赤道附近的多雨地区，水量都很丰富，但尼日尔河注入大西洋，赞比西河注入印度洋。
非洲的湖泊基本上都分布在东部。主要湖泊是维多利亚湖，位于东非高原上，是非洲面积的淡水湖。