符合规定的通行费电子发票可以抵扣。
如果公司属于一般纳税人，公司的车辆统一办理了ETC卡充值，取得ETC后付费客户和ETC预付费客户实际发生通行费用后索取发票的，取得的左上角标识“通行费”字样，且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票可以抵扣进项税额。
《财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税[2017]90号）第七条规定，纳税人支付的高速公路通行费，自2018年7月1日起凭增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额；纳税人支付的一级、二级公路通行费自2019年1月1日起凭增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。
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