部门结构模式主要有直线制、职能制、直线职能制、事业部制、超事业部制、矩阵制等。各种模式都有自身的组合原则，如以工作和任务为中心、以成果为中心和以关系为中心等组织结构设计原则。
(一)以工作和任务为中心来设计部门结构
以工作和任务为中心设计的部门内部结构包括：直线制、直线职能制、矩阵结构(任务小组)等模式，也就是广义的职能制组织结构模式。这种结构模式的优点是具有明确性和高度稳定性。但这种结构也有很大的缺陷，就是组织中的每一个人往往只了解自己的工作和任务，很难了解整体的任务并把自己的工作和它联系起来。当企业规模较小或外部环境变化不大时，这种结构模式能够适应环境的要求，有效地保证企业总体目标的实现而当企业规模较大或外部环境复杂多变时，员工的不安全感就会上升，企业的适应性就随之下降。因此，这种结构模式的适用范围较小。
(二)以成果为中心来设计部门结构
以成果为中心设计的部门结构包括事业部制和模拟分权制等模式。在这种结构模式下，一个企业由若干个自治性或模拟的自治性单位所组成，每个单位须对自己的工作成绩和成果负责，并对整个企业做出贡献。事业部制一般在大型企业中采用，它使每个自治单位既能了解自己的任务，又能了解整个企业的任务；既具有高度的稳定性，又具有较强的适应性。当一个企业规模很大且产品种类复杂或者分布区域很广时，采用事业部结构模式能够取得良好的效果，但需设置较多的分支机构，管理费用较多。模拟分权制结构中的各个部门和单位，由于企业生产技术上的联系紧密，不能完全拥有自治权，但它有自己的管理机构，并用内部规定的转移价格来相互购买和出售，或进行利润和成本计算。当一个大型企业的不同组成部分在生产、技术、经营业务方面有紧密联系时，模拟分权结构模式比较适用，但其明确性不强，实际工作中也不易真正做到以成果为中心。
(三)以关系为中心来设计部门结构
以关系为中心设计的部门内部结构通常出现在一些特别巨大的企业或项目之中，如某些跨国公司。从本质上说，它只是将其他组织设计原则加以综合应用，缺乏明确性和稳定性，实用性较差。