金融风险的形成原因是多方面的，而且每一种金融风险由潜在风险转化为现实风险，又常是多因素综合促成的，是合力作用的结果。但总的说来，一个是外因，即外部环境包括体制因素的综合作用；一个是内因，即内部决策管理不力的影响。
(一)外部因素
(1)经济体制改革和经济结构调整的遗留问题。
(2)宏观经济波动导致金融风险加剧。经济的剧烈波动，经济发展处于低潮，包括泡沫经济的破灭，都会造成银行资产的缩水和损失，加大银行风险，甚至导致银行倒闭。我国改革开放以来一些年份出现的房地产热、开发区热和彩电、汽车等生产线的重复建设，给银行造成了大量的不良贷款。
(3)自然灾害也是形成金融风险的因素。虽然正常情况下，自然灾害所造成的风险很小，但类似1998年特大洪水造成的损失对商业银行的资产质量仍有较大的影响。
(二)内部因素
(1)商业银行公司治理不规范，缺乏有效的监督管理机制。银行业特别是国有商业银行监督管理机制不完善，如治理结构不很完善，激励约束机制不甚健全，难以真正从体制上建立内部制约机制；部分中小商业银行虽然设立了董事会(理事会)股东大会等组织架构，但未真正发挥制衡有效、决策科学的作用。
(2)内控制度不健全，存在管理漏洞。包括制度本身不健全，科学性和操作性不强，存在制度上的漏洞；各项内控制度之间缺乏科学有效的衔接；内控制度的监督改进机制不健全等。
(3)决策的科学性和前瞻性不强。包括发展策略缺乏科学性、前瞻性研究；没有合理确定每类机构的职能定位；由于体制、决策水平、信息量和利益驱动等因素的综合影响，导致商业银行发生经营决策不科学、不审慎的情况。
(4)制度执行不力，管理不严，处罚不力。包括金融企业没有根据内部控制和管理水平开办业务，造成违规操作或风险失控；责任落实和问题整改机制不到位，严重削弱了制度执行力，影响了监管效果。
(5)没有按照风险管理原则审慎经营。
(6)监管有效性尚需提高。