A.归档的纸质工程文件应为原件
B.所有竣工图均应加盖竣工图章
C.勘察、设计单位应在任务完成后，将工程档案向建设单位归档
D.根据建设程序和工程特点，归档只可在单位或分部工程通过竣工验收后进行
E.工程档案的编制不得少于两套
参考答案：A,B,C,E
参考解析：A选项：归档的纸质工程文件应为原件。B选项：所有竣工图均应加盖竣工图章。C选项：勘察、设计单位应在任务完成后，施工、监理单位应在工程竣工验收前，将各自形成的有关工程档案向建设单位归档。D选项：根据建设程序和工程特点，归档可分阶段分期进行，也可在单位或分部工程通过竣工验收后进行。E选项：工程档案的编制不得少于两套， 一套应由建设单位保管，另一套(原件)应移交当地城建档案管理机构保存。
