生物碱分子的构象及氮原子附近的取代基的种类等立体因素也常影响氮原子接受质子的难易，故也影响生物碱的碱性。如东莨菪碱的碱性（pKa 7.50）比莨菪碱的碱性（pKa9.65）弱，既是由于东莨菪碱分子中氮原子附近6、7位氧桥的空间位阻作用。
分子内氢键和碱性的关系
生物碱孤电子对接受质子生成共轭酸，该共轭酸的稳定性影响生物碱的碱性。[10-羟基二氢去氧可待因]。
分析生物碱碱性强弱时，应综合考虑，因为上述影响因素不是单一存在的。一般诱导效应与共轭效应共存时，共轭效应的影响大；空间效应与诱导效应共存时，空间效应的影响大。
