有人认为，腹泻必然是胃肠道细菌感染，因而一旦遇到腹泻便使用抗生素来治疗，如黄连素、庆大霉素、环丙沙星、氟哌酸等。滥服的结果便是引起不同程度的胃肠道副作用，如恶心、呕吐、食欲下降，甚至影响肝脏、肾脏和造血功能，其中以广谱抗生素引起的胃肠道副作用较为严重。专家介绍说，像痢疾和一部分由大肠杆菌感染所引起的肠炎，确实是细菌感染，治疗时应当用抗菌药物。然而，腹泻未必全是细菌感染胃肠道所致，如腹部受凉引起的肠蠕动加快；对乳品、鱼、虾等食物过敏引起肠的变态反应；此类腹泻便没有细菌感染存在。
还有些腹泻，如婴幼儿秋冬季腹泻，成人和大孩子夏季“流行性腹泻”及霉菌性肠炎等都不属于通常所说的细菌感染。其中，婴幼儿秋冬季腹泻和夏季“流行性腹泻”系病毒感染所引起，而霉菌性肠炎是由与各种普通细菌特性完全不同的一类霉菌引起的。
既然病原不同，治疗方法就不应该完全相同，所以千万不能随意自行服用抗菌药物，而应及时就医。
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