茎的顶端有顶芽，叶腋有腋芽，茎上着生叶和腋芽的部位称节，节与节之间称节间，木本植物的茎枝上还分布有叶痕、托叶痕、牙鳞痕和皮孔等。
芽
芽是尚未发育的枝条、花或花序。依芽的生长位置分：(1)定芽;芽在茎上生长有一定的位置。定芽又分顶芽，生于茎枝顶端的芽;腋芽(侧芽)，生于叶腋的芽，有的植物腋芽生长位置较低，被覆盖在叶柄的基部内，知道叶脱落才显露出来，称柄下芽;副芽，一些植物顶芽或腋芽旁边生出的芽。(2)不定芽;芽的生长无一定位置，不是从叶腋或枝顶发出，而是生在茎的间节、根、叶及其他部位上的芽。
按茎的质地分木质茎、草质茎、肉质茎;按茎的生长习性分直立茎、缠绕茎、攀援竞和匍匐茎。
茎的变态可分为地上茎的变态和地下茎的变态两大类型。地上茎的变态包括：(1)叶状茎或叶状枝，茎变为绿色的扁平状或针叶状;(2)刺状茎，茎变为刺状常粗短坚硬不分枝;(3)钩状茎，通常呈钩状，粗短，坚硬，无分枝，位于叶腋，由茎的侧轴变态而成。(4)茎卷须，常见于具有攀援茎植物，茎变为卷须状，柔软卷曲，多生于叶腋;(5)小块茎和小鳞茎，有些植物的腋芽常形成小块茎，形态与块茎相似。(6)假鳞茎，附生的兰科植物的基部肉质膨大呈块状或球状部分。
地下茎的变态：(1)根状茎;(2)块茎;(3)球茎;(4)鳞茎，球形或扁球形，茎极度缩短称鳞茎盘，被肉质肥厚的鳞叶包围，顶端有顶芽，叶腋有腋芽，基部生不定根。
双子叶植物茎的初生结构：从外到内分为表皮、皮层和维管柱。
维管柱包括初生维管束(初生韧皮部、初生木质部、束中形成层)、髓和髓射线(髓射线也称初生射线，位于初生维管束之间的薄壁组织，内同髓部，外达皮层。)。
双子叶植物茎的次生构造：次生木质部是木本茎次生构造的主要部分，是木材的主要来源。次生木质部是由导管、管胞、木薄壁细胞、木纤维和木射线组成。次生韧皮部常由筛管、伴胞、韧皮纤维和韧皮薄壁细胞组成。韧皮射线是次生韧皮部内的薄壁组织。
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