然而，重要的问题还不在此。重要的问题在于“参照系”中的成本怎样确定？其中，影响最大的莫过于设备折旧。巴罗塔工程固定资产原值高达4370余万美元，而总工期只有64个月。固定资产究竟应该在工程中摊销多少？最初测算时，我们使用了有效利用小时折旧的办法，即，按照设备供应商提供的设备耐用小时数和工程中预计的工作小时数来测算。结果是固定资产原值在合同工期中只能摊销约60%。这就意味着工程完工以后，会剩下近2000万美元设备残值待处理。如果按照这个目标来做，最终岂不是"虚盈实亏"吗？考虑到这个问题，在预算成本中增加了1000余万美元的“补充折旧”，使最终的设备残值降低至不到800万美元。当时的想法是，这个数额应该是处理这一批二手设备的“底线”。如果实际变卖的值高于这个数，将增加工程的盈利。最终进入预算成本的设备折旧是3660余万美元，占固定资产原值的84%，占工程直接成本的22.88%。
与设备折旧相类似的还有一个资金占用问题。在预算中，我们列入了按比例返还总部的约1700万美元的费用，包括保函费、贷款利息和总部管理费用。约占工程直接成本的10%。
当时，我们并没有意识到这种预算编制方法就是管理经济学的“长期成本决策”法，这里使用的成本，就是管理经济学中的“机会成本”。
所谓"机会成本"是指：如果一项资源，既能用于本用途，又能用于其他用途（由于资源的稀缺性，如果用于甲用途就必须放弃其他其他用途），那么资源用于本用途的机会成本，就是资源用于其他的、被放弃的用途时本来可以得到的净收入。
设备折旧的机会成本就是该设备期初和期末可变卖价值之差，资金的机会成本就是获取这笔资金的融资成本及投资回报。
管理经济学引入“机会成本”的概念是源于这样的理论基础：在市场经济条件下，企业管理决策的基本标准是“未来预期利润收入现值总和最大化”。这种决策思想要求企业不但要关注帐面上的收益，而且特别要关注帐面上没有、但却是可能或应该取得的收益。这种决策思想考虑了收益的“时间价值”、体现了企业眼前利益和长远利益相结合的原则。
然而，按照这种办法作出的“预算成本”却有一个无法回避的问题：高于“投标报价”。巴罗塔项目按照上述预算编制办法作出的结果是，预算成本比合同价要高近2400万美元，几乎相当于合同价的10%。编制了一个“亏损预算”，“项目预计亏损2400万美元”，这显然是一个让人无法接受的结论。
可是，当我们懂得了管理经济学的理论以后，这个“让人无法接受的结论”就容易理解了：这里的“亏损”是相对于“经济利润”而言的。“经济利润”是管理经济学中另一个重要概念，经济利润等于“销售收八与机会成本之差”。经济利润是企业资源优化配置的指示器：经济利润大于零，说明资源配置较优；反之，则说明资源配置不合理。由此可知，这里的“负数”只是说明巴罗塔（c-03）工程的资源配置不合理（这是工程的特殊性和承包商自身的特殊性造成的），只是说明这些资源用于本用途和用于更能盈利的其他用途之间的收益差，和用“会计利润”反映的“亏损”是两个不同的概念。换句话说，这里的“负数”是企业为了获得这个工程带来的其他收益而付出的代价。
按照管理经济学的理论，对于决策来说，资源配置不合理并不意味着一定不能接受。因为管理决策尽管要以利润多少为标准，但还必须兼顾其他目标，比如开拓市场的需要、企业取得某种资质的需要等，因此得到的往往不是最多的利润，而是满意的利润，即企业决策的目标不是最优解，而是满意解。
由此可见，要运用管理经济学进行长期成本决策，最重要的是必须懂得“经济利润”和“会计利润”、“机会成本”和“会计成本”的区别，实现观念上的转变。
还有一个问题是：“预算成本”并不等于“目标成本”。预算成本只是反映了管理的条件，而目标成本则是规定了管理的要求。比如这个项目的预算成本是-2400万美元，但我们确定的目标成本是“项目持平”。也就是说，这个相对于“经济利润”的2400万美元缺口，要求在项目实施过程中补回来。显然，如果这个目标成本实现了，就意味着在投标时放弃的一部分“经济利润”通过合同实施补回来了，也可以说是项目经理为公司盈利2400万美元。
