但因管理体制本身仍存在不少缺陷，导致各地方、各部门认识不一致，在全国绝大多数地区建立的有形建筑市场运行中，出现了一些严重影响和制约建设市场有序发展的新问题，已经影响了建设市场的健康有序发展，需要我们认真加以研究和解决。这些问题主要体现在两个方面：
一是多头、重复建立建设工程交易中心问题。由于交易中心性质不够明确，一些专业部门或业主片面地认为建设工程交易中心是建设部门设立的，专业部门如铁路、交通、水利、邮电等也可另设市场。因此，出现多头、重复建立工程交易中心问题。
二是监管与交易两者职能混合不分问题。目前多数建设主管部门招标办和交易中心是两块牌子一套班子，这种工作模式对减少环节，提高效率，迅速地成立起有形建筑市场起到了积极的推动作用。但随着建筑市场的规范化管理，矛盾日益突出，交易中心为服务性事业单位，是为开展招投标活动提供服务的场所，属社会中介组织的范畴，本身不具备政府部门监督管理的职能。而招标办是对招投标的活动实施监督，具有监督管理职能。因此随着招投标工作的深入，两者职能混合，肯定会出现既当运动员又当裁判员的弊端，产生各种矛盾和问题。
要找到上述问题存在的根本原因，有必要从有形建筑市场的功能来分析。
从有形建筑市场的功能来看，有形建筑市场有三个功能：一是为建设工程招投标活动提供设施齐全、服务规范的场所，二是为建设工程交易各方提供信息服务，三是为政府主管部门实施监督和管理提供条件，即管理和服务功能。有形建筑市场的作用能否充分得到发挥，能否顺利、规范运行，关系到建筑市场能否得到整顿和规范，是事关建筑业健康稳定发展的大事，而作用的发挥依赖于有形建筑市场其自身功能是否能够实现，保持有形建筑市场的独立性和统一性是其功能实现的前提。
有形建筑市场的独立性强调的是有形建筑市场与现有政府行业管理部门之间的关系，要求的是勘查、设计、施工、招标代理等企业（而非有形建筑市场）不能与政府部门以及所属机构“一套班子，两块牌子”，避免受到行业管理部门的干扰，但这并非说明有形建筑市场与政府无关，有形建筑市场只有在各个政府部门的支持下，才能实现其载体功能；有形建筑市场的统一性主要是依据国办发[2002]21号文《严格有形建筑市场设立审批管理》中的规定，即一个区域只能设立一个工程交易中心，避免多头、重复建立。
只有按照比较统一的模式、打破区域和行业界限来建设有形建筑市场，有效地处理有形建筑市场与分市场的关系、总包市场与专业和劳务分包市场的关系，才能避免资源浪费、效率不高、信息链过长带来的信息损耗等问题，有效地实现有形建筑市场为政府监管服务的功能。只有保持独立，才能保证有形建筑市场免受过多的干扰，为交易双方和政府监管提供更优质的服务；只有实现统一，才能保证建筑市场信息传递过程的流畅和完整，避免过多环节的损耗。
