1．投资运作的一般规定
合格投资者应当委托境内商业银行作为托管人托管资产(每个合格投资者只能委托1个托管人，并可以更换托管人)，委托境内证券公司办理在境内的证券交易活动(每个合格投资者可分别在上海、深圳证券交易所委托3家境内证券公司进行证券交易)。中国证监会依法对合格投资者的境内证券投资实施监督管理，国家外汇管理局依法对合格投资者境内证券投资有关的投资额度、资金汇出入等实施外汇管理。
合格投资者可以委托在境内设立的证券公司等投资管理机构，进行境内证券投资管理。
合格投资者的境内股票投资，应当遵守中国证监会规定的持股比例限制和国家其他有关规定。
2．交易管理
上海证券交易所和深圳证券交易所对合格投资者证券交易管理的规则基本相同。
所有合格投资者持有同一上市公司挂牌交易A股数额，合计达到该公司总股本的16%及其后每增加2%时，证券交易所于该交易日结束后通过交易所网站，公布合格投资者已持有该公司挂牌交易A股的总数及其占公司总股本的比例。
合格投资者对超过持股限定比例的股份未按规定进行处理的，证券交易所及中国结算公司有权通知受托的证券公司及托管人实施平仓，并可对该合格投资者予以警告、公开谴责等处分。情节严重的，报中国证监会查处。
3．人民币合格境外机构投资者境内证券投资试点
2011年12月16日，中国证监会、中国人民银行、国家外汇管理局公布了《基金管理公司、证券公司人民币合格境外机构投资者境内证券投资试点办法》，该办法适用于境内基金管理公司、证券公司的香港子公司，运用在香港募集的人民币资金投资境内证券市场的行为。
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