根据《建筑法》和《建设工程质量管理条例》规定，施工单位擅自修改工程设计图纸将面临以下严重后果：
1. 直接质量隐患：
不按图施工将违反原设计意图，直接影响工程结构安全，可能留下重大质量隐患。
2. 责任混淆风险：
当原设计存在缺陷或发生质量事故时，擅自修改会导致设计、施工单位的质量责任界限模糊，施工单位需承担本不应由其承担的责任。
3. 行政处罚：
依据《建筑法》规定，施工单位必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得偷工减料。违者将面临：
- 责令改正；
- 罚款；
- 情节严重的可能被责令停业整顿或降低资质等级。
4. 质量终身追责：
根据《建筑工程五方责任主体项目负责人质量终身责任追究暂行办法》，项目经理可能面临：
- 注册执业人员1年内禁止执业；
- 造成重大质量事故的5年内不予注册；
- 情节特别恶劣的终身不予注册；
- 构成犯罪的追究刑事责任。
5. 经济损失赔偿：
因擅自修改导致工程质量事故的，施工单位需承担全部经济损失赔偿责任，并可能被追究法律责任。
施工单位必须严格遵守按图施工的基本原则，如需变更设计必须经过原设计单位同意并办理正式变更手续，这是保证工程质量的最基本要求。
科目：建设工程法规及相关知识
考点：法律责任
