在水利工程项目的施工阶段，材料预付款是指承包人在工程开工前或初期，为了采购和储存用于永久工程的主要材料而向发包人申请的预付款项。材料预付款的扣回是确保项目资金合理使用的关键步骤。根据《建设工程投资控制（水利工程）》中的相关规定，材料预付款的扣回金额应按照以下方法进行计算：
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确定扣回比例：通常情况下，材料预付款的扣回比例会在合同中明确规定。例如，合同可能会规定在每月的进度款支付中扣除一定比例的材料预付款。
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计算当月完成的工作量：监理工程师需要根据承包人提交的进度报告和实际完成的工程量，计算出当月完成的工作量。
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计算扣回金额：根据当月完成的工作量和合同规定的扣回比例，计算出当月应扣回的材料预付款金额。具体公式为：
扣回金额 = 当月完成工作量 × 扣回比例 -
核对与确认：监理工程师需要仔细核对承包人提交的进度付款申请单中的相关数据，确保扣回金额的计算准确无误，并且符合合同要求。
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开具支付证书：在确认无误后，监理工程师会开具支付证书，明确当月应支付的进度款金额以及扣回的材料预付款金额。
通过以上步骤，可以有效地管理和控制材料预付款的扣回，确保项目资金的合理使用。同时，监理工程师还需要定期检查和审核承包人的材料采购和使用情况，确保所有材料均为合格且符合合同要求。
科目：目标控制（水利工程）
考点：材料预付款的扣回
