1661年，在东南沿海坚持抗清的郑成功率舰队从金门出发，渡海打败荷兰殖民者。1662年初，荷兰殖民者投降，台湾回到祖国的怀抱。
1683年，清军进入台湾。1684年，清设台湾府，隶属福建省。台湾府的设置，加强了台湾同大陆的联系，促进了台湾的开发，巩固了祖国的海防。